O presente estudo situa-se no âmbito da política ambiental brasileira e tem como objeto a operacionalização da ferramenta da Compensação Ambiental e sua contribuição no apoio a gestão do Sistema Nacional de Unidades de Conservação (SNUC). A análise procura contemplar os mecanismos políticos e econômicos que estruturam este sistema para, em seguida, focalizar especificamente nas UCs do estado do Rio de Janeiro, sob o arcabouço do Fundo da Mata Atlântica (FMA). Justifica-se essa pesquisa - e o recorte mencionado – não somente pela importância atual do tema, mas também enquanto uma oportunidade para se discutir um dos mecanismos considerados estratégicos pelo Poder Público, já que, como outros aplicados pelas agências ambientais, se encontra imerso em várias controvérsias. Objetiva-se contribuir para a discussão em torno das questões que envolvem a avaliação, origem, metodologia, destino e a efetividade dos recursos oriundos de processos de Compensação Ambiental (CA) operacionalizados pelo Fundo da Mata Atlântica (FMA) no estado do Rio de Janeiro e sua contribuição aos objetivos da conservação ambiental. Para tanto, optou-se por uma metodologia qualitativa no tratamento teórico do tema e quantitativa na análise acerca da dinâmica financeira e política da aplicação da ferramenta no âmbito da conservação ambiental dentro das UCs situadas no estado do Rio de Janeiro. Foi realizada uma revisão bibliográfica sobre o tema das áreas protegidas no Brasil, assim como levantamentos da legislação ambiental brasileira e das principais políticas institucionais de gestão de UCs. Também foram coletados e organizados dados primários e secundários relativos à aplicação do mecanismo, bem como dados relativos ao perfil de uso e cobertura da terra das UCs no estado do Rio de Janeiro, os quais foram estruturados em tabelas, gráficos e mapas com a finalidade de tornar mais claros os argumentos discutidos na pesquisa. A realização da dissertação permitiu constatar que, apesar dos avanços e das dificuldades encontradas junto ao tema, a aplicação da modalidade de CA em estudo não beneficia o meio ambiente de forma direta, a partir de ações da mesma natureza, ou seja, disponibilizando ganho de biodiversidade líquida. Não obstante, sua principal função está alocada na gestão e manutenção quantitativa e qualitativa do SNUC, combatendo seus principais problemas e agregando mais robustez e agilidade às políticas ambientais de criação e gestão das Unidades de Conservação. Após a análise do estudo de caso, o FMA, foi verificado que este conferiu avanços consideráveis dentro do campo institucional do SNUC, agregando apoio às efetivações políticas ambientais de (re)adequamento, e sobretudo, à ampliação da malha territorial do SNUC.