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A violação de direitos autorais é passível de sanções civis e penais.
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Coleção Digital
Título: ESTRATÉGIAS DE BALANCEAMENTO DE CARGA PARA AVALIAÇÃO PARALELA DO BLAST COM BASES DE DADOS REPLICADAS E FRAGMENTOS PRIMÁRIOS Autor: DANIEL XAVIER DE SOUSA
Instituição: PONTIFÍCIA UNIVERSIDADE CATÓLICA DO RIO DE JANEIRO - PUC-RIO
Colaborador(es):
SERGIO LIFSCHITZ - ORIENTADOR
Nº do Conteudo: 11509
Catalogação: 07/04/2008 Idioma(s): PORTUGUÊS - BRASIL
Tipo: TEXTO Subtipo: TESE
Natureza: PUBLICAÇÃO ACADÊMICA
Nota: Todos os dados constantes dos documentos são de inteira responsabilidade de seus autores. Os dados utilizados nas descrições dos documentos estão em conformidade com os sistemas da administração da PUC-Rio.
Referência [pt]: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=11509@1
Referência [en]: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=11509@2
Referência DOI: https://doi.org/10.17771/PUCRio.acad.11509
Resumo:
Título: ESTRATÉGIAS DE BALANCEAMENTO DE CARGA PARA AVALIAÇÃO PARALELA DO BLAST COM BASES DE DADOS REPLICADAS E FRAGMENTOS PRIMÁRIOS Autor: DANIEL XAVIER DE SOUSA
Nº do Conteudo: 11509
Catalogação: 07/04/2008 Idioma(s): PORTUGUÊS - BRASIL
Tipo: TEXTO Subtipo: TESE
Natureza: PUBLICAÇÃO ACADÊMICA
Nota: Todos os dados constantes dos documentos são de inteira responsabilidade de seus autores. Os dados utilizados nas descrições dos documentos estão em conformidade com os sistemas da administração da PUC-Rio.
Referência [pt]: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=11509@1
Referência [en]: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=11509@2
Referência DOI: https://doi.org/10.17771/PUCRio.acad.11509
Resumo:
Na área de biologia computacional a busca por informações
relevantes em meio a volumes de dados cada vez maiores é
uma atividade fundamental.
Dentre outras, uma tarefa importante é a execução da
ferramenta BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), que
possibilita comparar biosseqüências a fim de se descobrir
homologias entre elas e inferir as demais
informações pertinentes. Um dos problemas a serem
resolvidos no que diz respeito ao custo de execução do
BLAST se refere ao tamanho da base de dados, que vem
aumentando consideravelmente nos últimos anos. Avaliar o
BLAST com estrat´egias paralelas e distribuídas com apoio
de agrupamento de computadores tem sido uma das estratégias
mais utilizadas para obter ganhos de desempenho. Nesta
dissertação, é realizada uma alocação física
replicada da base de dados (de seqüências), onde cada
réplica é fragmentada
em partes distintas, algumas delas escolhidas como
primárias. Dessa
forma, é possível mostrar que se aproveitam as principais
vantagens das estratégias de execução sobre bases
replicadas e fragmentadas convencionais,
unindo flexibilidade e paralelismo de E/S. Associada a essa
alocação particular da base, são sugeridas duas formas de
balanceamento dinâmico da carga de trabalho. As abordagens
propostas são realizadas de maneira não
intrusiva no código BLAST. São efetuados testes de
desempenho variados que demonstram não somente a eficácia
no equilíbrio de carga como também
eficiência no processamento como um todo.