XINFORMAÇÕES SOBRE DIREITOS AUTORAIS
As obras disponibilizadas nesta Biblioteca Digital foram publicadas sob expressa autorização dos respectivos autores, em conformidade com a Lei 9610/98.
A consulta aos textos, permitida por seus respectivos autores, é livre, bem como a impressão de trechos ou de um exemplar completo exclusivamente para uso próprio. Não são permitidas a impressão e a reprodução de obras completas com qualquer outra finalidade que não o uso próprio de quem imprime.
A reprodução de pequenos trechos, na forma de citações em trabalhos de terceiros que não o próprio autor do texto consultado,é permitida, na medida justificada para a compreeensão da citação e mediante a informação, junto à citação, do nome do autor do texto original, bem como da fonte da pesquisa.
A violação de direitos autorais é passível de sanções civis e penais.
As obras disponibilizadas nesta Biblioteca Digital foram publicadas sob expressa autorização dos respectivos autores, em conformidade com a Lei 9610/98.
A consulta aos textos, permitida por seus respectivos autores, é livre, bem como a impressão de trechos ou de um exemplar completo exclusivamente para uso próprio. Não são permitidas a impressão e a reprodução de obras completas com qualquer outra finalidade que não o uso próprio de quem imprime.
A reprodução de pequenos trechos, na forma de citações em trabalhos de terceiros que não o próprio autor do texto consultado,é permitida, na medida justificada para a compreeensão da citação e mediante a informação, junto à citação, do nome do autor do texto original, bem como da fonte da pesquisa.
A violação de direitos autorais é passível de sanções civis e penais.
Coleção Digital
Título: EXECUTION AND DATA AVAILABILITY CONTROL FOR APPLICATIONS ON BIOLOGICAL SEQUENCES: THE CASE OF BLAST Autor: MAIRA FERREIRA DE NORONHA
Instituição: PONTIFÍCIA UNIVERSIDADE CATÓLICA DO RIO DE JANEIRO - PUC-RIO
Colaborador(es):
SERGIO LIFSCHITZ - ADVISOR
Nº do Conteudo: 9819
Catalogação: 25/04/2007 Idioma(s): PORTUGUESE - BRAZIL
Tipo: TEXT Subtipo: THESIS
Natureza: SCHOLARLY PUBLICATION
Nota: Todos os dados constantes dos documentos são de inteira responsabilidade de seus autores. Os dados utilizados nas descrições dos documentos estão em conformidade com os sistemas da administração da PUC-Rio.
Referência [pt]: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=9819@1
Referência [en]: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=9819@2
Referência DOI: https://doi.org/10.17771/PUCRio.acad.9819
Resumo:
Título: EXECUTION AND DATA AVAILABILITY CONTROL FOR APPLICATIONS ON BIOLOGICAL SEQUENCES: THE CASE OF BLAST Autor: MAIRA FERREIRA DE NORONHA
Nº do Conteudo: 9819
Catalogação: 25/04/2007 Idioma(s): PORTUGUESE - BRAZIL
Tipo: TEXT Subtipo: THESIS
Natureza: SCHOLARLY PUBLICATION
Nota: Todos os dados constantes dos documentos são de inteira responsabilidade de seus autores. Os dados utilizados nas descrições dos documentos estão em conformidade com os sistemas da administração da PUC-Rio.
Referência [pt]: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=9819@1
Referência [en]: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=9819@2
Referência DOI: https://doi.org/10.17771/PUCRio.acad.9819
Resumo:
This work consists on the creation of a tool named
BioProvider to provide
data to BLAST. The tool provides the data using buffer
management techniques
that are efficient for BLAST and controls process
scheduling. The communication
between BioProvider and the BLAST processes, as well as
the concurrency and
blocking control, is done through a device driver that
substitutes the read and
write function calls to the database files. By this means,
the application code can
remain unchanged and BioProvider can be used with
different versions of
BLAST. The development of BioProvider was the first stage
to the creation of a
solution that can be applied as well to other
Bioinformatics tools. Due to its
transparency in the view of other applications,
BioProvider can be easily extended
in the future to provide data to other applications, to
use other buffer management
techniques or to provide data stored in different formats
of those read by the client
processes, converting the data in runtime. BioProvider has
been tested with the
most recent version of NCBI BLAST and considerable
improvement has been
verified. The tool has been shown to work as well with the
open source version of
WU-BLAST. Some variations on the buffer management
algorithm were studied,
as well as the different factors that influence the
performance of BLAST
processes.
Descrição | Arquivo |
COVER, ACKNOWLEDGEMENTS, RESUMO, ABSTRACT, SUMMARY AND LISTS | |
CHAPTER 1 | |
CHAPTER 2 | |
CHAPTER 3 | |
CHAPTER 4 | |
CHAPTER 5 | |
REFERENCES AND APPENDICES |