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Título: EXECUTION AND DATA AVAILABILITY CONTROL FOR APPLICATIONS ON BIOLOGICAL SEQUENCES: THE CASE OF BLAST
Autor: MAIRA FERREIRA DE NORONHA
Instituição: PONTIFÍCIA UNIVERSIDADE CATÓLICA DO RIO DE JANEIRO - PUC-RIO
Colaborador(es):  SERGIO LIFSCHITZ - ADVISOR
Nº do Conteudo: 9819
Catalogação:  25/04/2007 Idioma(s):  PORTUGUESE - BRAZIL
Tipo:  TEXT Subtipo:  THESIS
Natureza:  SCHOLARLY PUBLICATION
Nota:  Todos os dados constantes dos documentos são de inteira responsabilidade de seus autores. Os dados utilizados nas descrições dos documentos estão em conformidade com os sistemas da administração da PUC-Rio.
Referência [pt]:  https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=9819@1
Referência [en]:  https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=9819@2
Referência DOI:  https://doi.org/10.17771/PUCRio.acad.9819

Resumo:
This work consists on the creation of a tool named BioProvider to provide data to BLAST. The tool provides the data using buffer management techniques that are efficient for BLAST and controls process scheduling. The communication between BioProvider and the BLAST processes, as well as the concurrency and blocking control, is done through a device driver that substitutes the read and write function calls to the database files. By this means, the application code can remain unchanged and BioProvider can be used with different versions of BLAST. The development of BioProvider was the first stage to the creation of a solution that can be applied as well to other Bioinformatics tools. Due to its transparency in the view of other applications, BioProvider can be easily extended in the future to provide data to other applications, to use other buffer management techniques or to provide data stored in different formats of those read by the client processes, converting the data in runtime. BioProvider has been tested with the most recent version of NCBI BLAST and considerable improvement has been verified. The tool has been shown to work as well with the open source version of WU-BLAST. Some variations on the buffer management algorithm were studied, as well as the different factors that influence the performance of BLAST processes.

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