XINFORMAÇÕES SOBRE DIREITOS AUTORAIS
As obras disponibilizadas nesta Biblioteca Digital foram publicadas sob expressa autorização dos respectivos autores, em conformidade com a Lei 9610/98.
A consulta aos textos, permitida por seus respectivos autores, é livre, bem como a impressão de trechos ou de um exemplar completo exclusivamente para uso próprio. Não são permitidas a impressão e a reprodução de obras completas com qualquer outra finalidade que não o uso próprio de quem imprime.
A reprodução de pequenos trechos, na forma de citações em trabalhos de terceiros que não o próprio autor do texto consultado,é permitida, na medida justificada para a compreeensão da citação e mediante a informação, junto à citação, do nome do autor do texto original, bem como da fonte da pesquisa.
A violação de direitos autorais é passível de sanções civis e penais.
As obras disponibilizadas nesta Biblioteca Digital foram publicadas sob expressa autorização dos respectivos autores, em conformidade com a Lei 9610/98.
A consulta aos textos, permitida por seus respectivos autores, é livre, bem como a impressão de trechos ou de um exemplar completo exclusivamente para uso próprio. Não são permitidas a impressão e a reprodução de obras completas com qualquer outra finalidade que não o uso próprio de quem imprime.
A reprodução de pequenos trechos, na forma de citações em trabalhos de terceiros que não o próprio autor do texto consultado,é permitida, na medida justificada para a compreeensão da citação e mediante a informação, junto à citação, do nome do autor do texto original, bem como da fonte da pesquisa.
A violação de direitos autorais é passível de sanções civis e penais.
Coleção Digital
Título: WORKFLOW PARA BIOINFORMÁTICA Autor: MELISSA LEMOS
Instituição: PONTIFÍCIA UNIVERSIDADE CATÓLICA DO RIO DE JANEIRO - PUC-RIO
Colaborador(es):
MARCO ANTONIO CASANOVA - ORIENTADOR
ANTONIO BASILIO DE MIRANDA - COORIENTADOR
Nº do Conteudo: 5928
Catalogação: 11/02/2005 Liberação: 11/02/2005 Idioma(s): PORTUGUÊS - BRASIL
Tipo: TEXTO Subtipo: TESE
Natureza: PUBLICAÇÃO ACADÊMICA
Nota: Todos os dados constantes dos documentos são de inteira responsabilidade de seus autores. Os dados utilizados nas descrições dos documentos estão em conformidade com os sistemas da administração da PUC-Rio.
Referência [pt]: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=5928&idi=1
Referência [en]: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=5928&idi=2
Referência DOI: https://doi.org/10.17771/PUCRio.acad.5928
Resumo:
Título: WORKFLOW PARA BIOINFORMÁTICA Autor: MELISSA LEMOS
ANTONIO BASILIO DE MIRANDA - COORIENTADOR
Nº do Conteudo: 5928
Catalogação: 11/02/2005 Liberação: 11/02/2005 Idioma(s): PORTUGUÊS - BRASIL
Tipo: TEXTO Subtipo: TESE
Natureza: PUBLICAÇÃO ACADÊMICA
Nota: Todos os dados constantes dos documentos são de inteira responsabilidade de seus autores. Os dados utilizados nas descrições dos documentos estão em conformidade com os sistemas da administração da PUC-Rio.
Referência [pt]: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=5928&idi=1
Referência [en]: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=5928&idi=2
Referência DOI: https://doi.org/10.17771/PUCRio.acad.5928
Resumo:
Os projetos para estudo de genomas partem de uma fase de
sequenciamento onde são gerados em laboratório dados
brutos, ou seja, sequências de DNA sem significado
biológico. As sequências de DNA possuem códigos
responsáveis pela produção de proteínas e RNAs, enquanto
que as proteínas participam de todos os fenômenos
biológicos, como a replicação celular, produção de energia,
defesa imunológica, contração muscular, atividade
neurológica e reprodução. As sequências de DNA, RNA e
proteínas são chamadas nesta tese de biossequências.
Porém, o grande desafio destes projetos consiste em
analisar essas biossequências, e obter informações
biologicamente relevantes. Durante a fase de análise, os
pesquisadores usam diversas ferramentas, programas de
computador, e um grande volume de informações armazenadas
em fontes de dados de Biologia Molecular. O crescente
volume e a distribuição das fontes de dados e a
implementação de novos processos em Bioinformática
facilitaram enormemente a fase de análise, porém criaram
uma demanda por ferramentas e sistemas semi-automáticos para
lidar com tal volume e complexidade. Neste cenário, esta
tese aborda o uso de workflows para compor processos de
Bioinformática, facilitando a fase de análise.
Inicialmente apresenta uma ontologia modelando processos e
dados comumente utilizados em Bioinformática. Esta
ontologia foi derivada de um estudo cuidadoso, resumido na
tese, das principais tarefas feitas pelos pesquisadores em
Bioinformática. Em seguida, a tese propõe um framework para
um sistema de gerência de análises em biossequências,
composto por dois sub-sistemas. O primeiro é um sistema de
gerência de workflows de Bioinformática, que auxilia os
pesquisadores na definição, validação, otimização e
execução de workflows necessários para se realizar as
análises. O segundo é um sistema de gerência de dados em
Bioinformática, que trata do armazenamento e da manipulação
dos dados envolvidos nestas análises. O framework inclui um
gerente de ontologias, armazenando ontologias para
Bioinformática, nos moldes da apresentada anteriormente.
Por fim, a tese descreve instanciações do framework para
três tipos de ambiente de trabalho comumente encontrados e
sugestivamente chamados de ambiente pessoal, ambiente de
laboratório e ambiente de comunidade. Para cada um destes
ambientes, a tese discute em detalhe os aspectos
particulares da execução e otimização de workflows.