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A violação de direitos autorais é passível de sanções civis e penais.
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Coleção Digital
Título: A NOVEL APPROACH FOR DE BRUIJN GRAPH CONSTRUCTION IN DE NOVO GENOME FRAGMENT ASSEMBLY Autor: ELVISMARY MOLINA DE ARMAS
Instituição: PONTIFÍCIA UNIVERSIDADE CATÓLICA DO RIO DE JANEIRO - PUC-RIO
Colaborador(es):
SERGIO LIFSCHITZ - ADVISOR
Nº do Conteudo: 47791
Catalogação: 04/05/2020 Liberação: 04/05/2020 Idioma(s): ENGLISH - UNITED STATES
Tipo: TEXT Subtipo: THESIS
Natureza: SCHOLARLY PUBLICATION
Nota: Todos os dados constantes dos documentos são de inteira responsabilidade de seus autores. Os dados utilizados nas descrições dos documentos estão em conformidade com os sistemas da administração da PUC-Rio.
Referência [pt]: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=47791&idi=1
Referência [en]: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=47791&idi=2
Referência DOI: https://doi.org/10.17771/PUCRio.acad.47791
Resumo:
Título: A NOVEL APPROACH FOR DE BRUIJN GRAPH CONSTRUCTION IN DE NOVO GENOME FRAGMENT ASSEMBLY Autor: ELVISMARY MOLINA DE ARMAS
Nº do Conteudo: 47791
Catalogação: 04/05/2020 Liberação: 04/05/2020 Idioma(s): ENGLISH - UNITED STATES
Tipo: TEXT Subtipo: THESIS
Natureza: SCHOLARLY PUBLICATION
Nota: Todos os dados constantes dos documentos são de inteira responsabilidade de seus autores. Os dados utilizados nas descrições dos documentos estão em conformidade com os sistemas da administração da PUC-Rio.
Referência [pt]: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=47791&idi=1
Referência [en]: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=47791&idi=2
Referência DOI: https://doi.org/10.17771/PUCRio.acad.47791
Resumo:
Fragment assembly is a current fundamental problem in bioinformatics. In the absence of a reference genome sequence that could guide the whole process, a de Bruijn Graph data structure has been considered to improve the computational processing. Notably, we need to count on a broad set of k-mers, biological sequences substrings. However, the construction of de Bruijn Graphs has a high computational cost, primarily due to main memory consumption. Some approaches use external memory processing to achieve feasibility. These solutions generate all k-mers with high redundancy, increasing the number of managed data and, consequently, the number of I/O operations. This thesis proposes a new approach for de Bruijn Graph construction that does not need to generate all k-mers. The solution enables to reduce computational requirements and execution feasibility, which is confirmed with the experimental results.
Descrição | Arquivo |
COMPLETE |