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A violação de direitos autorais é passível de sanções civis e penais.
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Coleção Digital
Título: A STUDY OF BIOSEQUENCE DATA COMPRESSION Autor: JANAINA OLEINIK MOURA ROSA
Instituição: PONTIFÍCIA UNIVERSIDADE CATÓLICA DO RIO DE JANEIRO - PUC-RIO
Colaborador(es):
SERGIO LIFSCHITZ - ADVISOR
Nº do Conteudo: 9762
Catalogação: 09/04/2007 Idioma(s): PORTUGUESE - BRAZIL
Tipo: TEXT Subtipo: THESIS
Natureza: SCHOLARLY PUBLICATION
Nota: Todos os dados constantes dos documentos são de inteira responsabilidade de seus autores. Os dados utilizados nas descrições dos documentos estão em conformidade com os sistemas da administração da PUC-Rio.
Referência [pt]: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=9762@1
Referência [en]: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=9762@2
Referência DOI: https://doi.org/10.17771/PUCRio.acad.9762
Resumo:
Título: A STUDY OF BIOSEQUENCE DATA COMPRESSION Autor: JANAINA OLEINIK MOURA ROSA
Nº do Conteudo: 9762
Catalogação: 09/04/2007 Idioma(s): PORTUGUESE - BRAZIL
Tipo: TEXT Subtipo: THESIS
Natureza: SCHOLARLY PUBLICATION
Nota: Todos os dados constantes dos documentos são de inteira responsabilidade de seus autores. Os dados utilizados nas descrições dos documentos estão em conformidade com os sistemas da administração da PUC-Rio.
Referência [pt]: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=9762@1
Referência [en]: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=9762@2
Referência DOI: https://doi.org/10.17771/PUCRio.acad.9762
Resumo:
The BLAST is the sequence comparison strategy mostly used
in
computational biology. Therefore, research on data
structures, secondary
memory access methods and on the algorithm itself, could
bring important
optimizations and consequently contributions to the area.
In this work, we study a
NCBI BLAST version by analyzing its data structures and
algorithms for data
manipulating. In addition, we collect performance data for
identifying processing
bottleneck in all the BLAST execution phases. Based on
this analysis, data
compress techniques were applied as a strategy for
reducing number of
secondary memory access operations. Finally, a modified
version of BLAST was
implemented in the Microsoft Windows environment, where
the program was
directly altered. Finally, an analysis was made over using
the results of execution
of original BLAST against modified BLAST.
