Mais do que um ambiente de aprendizagem acadêmica, a escola é também espaço onde as e os jovens se desenvolvem comportamental, emocional e cognitivamente e estabelecem relacionamentos sociais positivos. Atitudes preconceituosas, como a homofobia e a misoginia, vão de encontro com os objetivos educacionais e impactam negativamente no aspecto relacional que compõe o clima escolar. A presente pesquisa busca compreender este impacto através de um estudo sobre as relações existentes entre climas escolares distintos com ambientes menos ou mais preconceituosos em relação à diversidade sexual e de gênero. Para cumprir estes objetivos, traçamos um desenho de investigação quantitativo a partir das respostas de estudantes a dois questionários. O primeiro, inserido em uma pesquisa maior sobre preconceito, forneceu dados sobre as atitudes contra a diversidade sexual e de gênero na visão de estudantes do sétimo ano de dez escolas públicas localizadas no município do Rio de Janeiro. A partir destes dados, selecionamos duas escolas com posicionamentos distintos, a Escola Iracema e a Escola Hora da Estrela, e aplicamos um segundo questionário, dessa vez voltado para todo o segundo segmento do Ensino Fundamental, com questões acerca do clima da escola, além de mais itens sobre preconceito em relação à diversidade sexual e de gênero. A partir da elaboração de índices, observamos que apesar de estarem geograficamente próximas e possuírem um corpo discente social e culturalmente parecido, oriundo dos mesmos bairros do entorno, as duas escolas possuem diferenças marcadamente significativas em relação ao clima e às visões e atitudes preconceituosas: as alunas e os alunos da Escola Iracema percebem um clima escolar menos positivo e indicam apresentar pensamentos mais preconceituosos contra a diversidade sexual e de gênero do que as e os estudantes da Escola Hora da Estrela. Observamos que as visões preconceituosas quanto à diversidade sexual e de gênero das e dos estudantes se associam positivamente com o bom relacionamento com seus pares e negativamente com: (i) a percepção do respeito à diversidade pela comunidade escolar; (ii) a compreensão do papel da gestão na resolução dos conflitos escolares; (iii) o comportamento e os sentimentos de engajamento e pertencimento na escola e (iv) a violência sofrida por bullying. Conclui-se que um ambiente escolar marcado por um clima mais positivo pode apresentar, ao mesmo tempo, estudantes menos misóginos e homofóbicos.