O objetivo deste estudo foi avaliar o efeito biocida do ácido peracético (APA) em águas de sistemas de resfriamento, de forma a buscar alternativas ao uso do cloro, que é corrosivo e reage com a matéria orgânica natural ou sintética presentes na água, formando subprodutos tóxicos. Para atingir este objetivo, experimentos utilizando amostras de água retiradas da bacia de uma torre de resfriamento de uma indústria química foram realizados. Ensaios foram executados utilizando-se uma solução comercial de APA, mantendo-se concentrações do biocida em 1,0 mgL-1 e 2,0 mgL-1 em pH 8,0 e 8,8. Cada condição de estudo foi monitorada ao longo de 5 dias, e contagens de bactérias heterotróficas mesófilas totais foram realizadas tanto antes da aplicação do biocida como em diferentes tempos de contato do biocida com a microbiota natural da água. Os tempos de contato monitorados foram de 5 min, além de 1, 2 e 4 h por dia considerando a aplicação do biocida em períodos totais de 4 h por dia. Com esta metodologia foi possível concluir que as duas dosagens aplicadas foram eficientes no combate aos microrganismos presentes naturalmente nas amostras de água, nos dois valores de pH estudados. A partir de uma carga microbiana natural da água de 106 a 107 UFC/mL, após o tratamento houve uma redução para contagens de no máximo de 104 UFC/mL em todos os experimentos, limite máximo esse adotado pelas indústrias para carga microbiana em águas de sistemas de resfriamento, entretanto, houve maior eficiência, cerca de 10 vezes maior, quando 2,0 mgL-1 de APA foi aplicado. Além disso, em pH 8,0 a ação do biocida também foi superior em 10 vezes em detrimento ao pH 8,8 para a mesma concentração de APA.