A matéria orgânica (MO) sedimentar de origem natural na Ria de Aveiro e no estuário Mondego foi caracterizada usando a composição elementar (C e N) e lipídios biomarcadores (esteróis, n-álcoois e triterpenoides). A contribuição por esgotos foi avaliada através de coprostanol e outros esteróis fecais. Amostras de sedimento superficial foram coletadas em 22 estações ao longo das regiões. Os lipídios biomarcadores foram extraídos, purificação com sílica-gel e analisados por cromatografia em fase gasosa acoplada a espectrometria de massas. O carbono orgânico total (9,94 e 43,00 mg g(-1)) teve uma correlação com o nitrogênio total (r(2) = 0,86). A razão C/N molar (14,34 mais ou menos 1,75) foi um valor típico de MO continental. Existe uma contribuição maior de MO terrestre nas amostras, como mostra as evidencias: a predominância de n-álcoois de cadeia longa (maior ou igual à C22), maior abundancia no somatório de sitosterol, estigmasterol e campesterol sobre outros fitoesterois, como o colesterol e o brassicasterol; e a alta concentração de triterpenoides de plantas superiores, como Beta-amirina e a Alfa amirina. A concentração de coprostanol (0,05 a 16,6 microgramas g(-1)) indicou a presença de esgotos em sete estações localizadas no largo do Laranjo (S4, S5, S6, S7, S10), porto de Aveiro (S14) e no canal de Ílhavo (S16). Os aportes mais significativos foram no largo do Laranjo (S8 e S9) e no porto do Mondego (S19).