A aplicação de técnicas de workflows na área de computação científica é bastante explorada para a condução de experimentos e construção de modelos in silico. Ao analisarmos alguns desafios enfrentados por uma aplicação científica na área de geociências, percebemos que workflows podem ser usados para representar os modelos gerados na aplicação e facilitar o desenvolvimento de funcionalidades que supram as necessidades identificadas. A maioria dos trabalhos e ferramentas na área de workflows científicos, porém, são voltados para uso em ambientes de computação distribuída, como serviços web e computação em grade, sendo de difícil uso ou integração dentro de aplicações científicas mais simples. Nesta dissertação, discutimos como viabilizar a composição e representação de workflows dentro de uma aplicação científica existente. Descrevemos uma arquitetura conceitual de motor de workflows voltado para o uso dentro de uma aplicação stand-alone. Descrevemos também um modelo de implantação em uma aplicação C plus plus usando redes de Petri para modelar um workflow e funções C plus plus para representar as tarefas. Como prova de conceito, implantamos esse modelo de workflows em uma aplicação existente e analisamos o impacto do seu uso na aplicação.