O setor de saneamento desempenha um papel fundamental à vida humana. A gestão eficiente dos recursos hídricos é de grande relevância à sociedade devido à sua importância econômica e produtiva para o desenvolvimento de outros bens e serviços. O presente estudo apresenta uma análise de benchmarking com o objetivo de avaliar a eficiência dos custos operacionais das empresas de saneamento do Brasil. Este abordou 3 metodologias de benchmarking, sendo elas a Análise Envoltória de Dados (DEA), Mínimos Quadrados Ordinários Corrigidos (MQOC) e Análise de Indicadores de Desempenho. Inicialmente foi estimada uma eficiência média a partir do DEA e MQOC, em seguida foi realizado o ajuste desta eficiência através de variáveis não gerenciáveis pelas empresas, por meio da regressão TOBIT. Por fim, foi feita uma análise complementar através de 15 indicadores de desempenho que abarcavam características de custos médios, produtividade e perdas de água no setor de saneamento. Os dados utilizados para este estudo foram disponibilizados pelo Sistema Nacional de Informações sobre Saneamento (SNIS). Para a estimação da eficiência foi considerado como variável de insumo o custo operacional das empresas (OPEX) Para produto, as variáveis de quantidade de ligações ativas e volume faturado de água e esgoto. Observou-se que o impacto das variáveis não gerenciáveis beneficiou o desempenho das empresas, mas não gerou mudanças significativas quanto à posição no ranking de eficiência. O resultado da eficiência média estimada pelas metodologias DEA e MQOC indicou a SANEPAR como benchmark relativamente aos seus custos operacionais, bem como a análise de indicadores de desempenho, para o ano de 2012.