Título: | ENERGIAS LIVRES DE LIGAÇÃO ABSOLUTA DO PEPTÍDEO ANTIVIRAL ATN-161 COM ALVOS PROTEICOS DE SARS-COV-2 | ||||||||||||
Autor: |
RUDIELSON DOS SANTOS SILVA |
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Colaborador(es): |
ANDRE SILVA PIMENTEL - Orientador |
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Catalogação: | 20/MAR/2023 | Língua(s): | PORTUGUÊS - BRASIL |
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Tipo: | TEXTO | Subtipo: | TESE | ||||||||||
Notas: |
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Referência(s): |
[pt] https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/projetosEspeciais/ETDs/consultas/conteudo.php?strSecao=resultado&nrSeq=62017&idi=1 [en] https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/projetosEspeciais/ETDs/consultas/conteudo.php?strSecao=resultado&nrSeq=62017&idi=2 |
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DOI: | https://doi.org/10.17771/PUCRio.acad.62017 | ||||||||||||
Resumo: | |||||||||||||
A afinidade de ligação do pentapeptideo antiviral ATN-161 com os alvos
da integrina alfa5beta1 conformações fechada e aberta, a protease principal SARSCoV-2 e a proteína S variante omicron (B.1.1.529) complexada com hACE2
foram estudados usando ancoramento molecular e simulação de dinâmica
molecular. Os complexos foram formados com sucesso através do uso de
simulações de ancoragem molecular, obtendo as poses de ligação ATN-161
com os alvos estudados. Subsequentemente, simulações de dinâmica
molecular clássica foram executadas para investigar a estabilidade do
complexo formado. Simulações de dinâmica molecular direcionada e
amostragem guarda-chuva usando análise de histograma ponderado foram
realizadas para obter o potencial de força média de cada sistema, e calcular a
energia livre de de ligação para o ATN-161 com o sítio de ligação dos
respectivos alvos. Os resultados mostram que o ATN-161 se liga à integrina
alfa5beta1 em sua forma ativa e inativa, com energias livres de ligação de -14.4 mais ou menos 0.5
e -12.6 mais ou menos 0.2 kcal mol-1
, respectivamente. Além disso, o ATN-161 se liga
fracamente à proteína S variante omicron complexada com hACE2 com uma
energia de apenas -3.2 mais ou menos 0.3 kcal mol
-1
. Entretanto, o ATN-161 apresenta maior
afinidade de ligação na MPRO, computando uma energia de ligação de -17.7 mais ou menos
0.2 kcal mol-1
, indicando que este peptídeo se liga fortemente ao MPRO. Por fim,
o estudo da cinética de ligação com o método tau-RAMD indica que o ATN-161
apresenta um tempo de residência relativo similar ao do ligante de referência
GC376. Os tempos de residências relativos são 2,8 mais ou menos 0,4 e 2,5 mais ou menos 0,5 ns para o
ATN-161 e para o GC376, respectivamente. Os resultados obtidos neste
trabalho indicam um potencial candidato a fármaco contra o SARS-CoV-2, em
especial para o surgimento de novas variantes do SARS-CoV-2.
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