[pt] CONTROLE DA EXECUÇÃO E DISPONIBILIZAÇÃO DE DADOS PARA APLICATIVOS SOBRE SEQÜÊNCIAS BIOLÓGICAS: O CASO BLAST

[en] EXECUTION AND DATA AVAILABILITY CONTROL FOR APPLICATIONS ON BIOLOGICAL SEQUENCES: THE CASE OF BLAST

[pt] MAIRA FERREIRA DE NORONHA

[pt] BANCO DE DADOS

[pt] GERENCIA DE BUFFER

[pt] DRIVER

[pt] BIOLOGIA COMPUTACIONAL

[pt] BIOINFORMATICA

[en] DATABASE

[en] BUFFER MANAGEMENT

[en] DRIVER

[en] COMPUTATIONAL BIOLOGY

[en] BIOINFORMATICS

[pt] Este trabalho consiste na criação de uma ferramenta provedora de dados para o BLAST, denominada BioProvider. Esta é usada para prover dados realizando um gerenciamento de buffer eficiente para o BLAST, controlando também o escalonamento dos processos do mesmo. A comunicação entre o BioProvider e os processos do BLAST, assim como o controle de concorrência e bloqueios, é feita por meio de um driver, que substitui as chamadas a funções de leitura e escrita de arquivos do banco de dados. Deste modo, o código do BLAST não precisa ser modificado para ser realizar a comunicação com o BioProvider e este pode ser usado para diferentes versões do BLAST. O desenvolvimento do BioProvider é a primeira etapa para a criação de uma solução aplicável também a outras ferramentas de Bioinformática. Por ser transparente aos programas, a ferramenta desenvolvida é facilmente extensível, podendo ser futuramente modificada para prover dados para outros aplicativos, usar outras estratégias de gerência de buffer ou prover dados armazenados em formatos diferentes dos lidos por processos clientes, convertendo-os em tempo de execução. O BioProvider foi testado com a versão recente do NCBI BLAST, obtendo consideráveis melhoras de desempenho, e seu funcionamento foi verificado também com a versão do WU-BLAST com código aberto. Foram realizadas análises de variações no algoritmo de gerenciamento de buffer e dos fatores que influenciam o desempenho dos processos BLAST.

[en] This work consists on the creation of a tool named BioProvider to provide data to BLAST. The tool provides the data using buffer management techniques that are efficient for BLAST and controls process scheduling. The communication between BioProvider and the BLAST processes, as well as the concurrency and blocking control, is done through a device driver that substitutes the read and write function calls to the database files. By this means, the application code can remain unchanged and BioProvider can be used with different versions of BLAST. The development of BioProvider was the first stage to the creation of a solution that can be applied as well to other Bioinformatics tools. Due to its transparency in the view of other applications, BioProvider can be easily extended in the future to provide data to other applications, to use other buffer management techniques or to provide data stored in different formats of those read by the client processes, converting the data in runtime. BioProvider has been tested with the most recent version of NCBI BLAST and considerable improvement has been verified. The tool has been shown to work as well with the open source version of WU-BLAST. Some variations on the buffer management algorithm were studied, as well as the different factors that influence the performance of BLAST processes.

SERGIO LIFSCHITZ

MARCUS VINICIUS SOLEDADE POGGI DE ARAGAO

SERGIO LIFSCHITZ

MARTA L QUEIROS MATTOSO

MELISSA LEMOS CAVALIERI

2007-04-25

2006-09-20

[pt] TEXTO

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PORTUGUÊS

https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=9819@1

https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=9819@2

https://doi.org/10.17771/PUCRio.acad.9819