Projetos de genômica e biológica molecular estão gerando dados cujos volumes e complexidades jamais foram observados nesta área. Além disso, fontes de dados e de conhecimento são produzidas e utilizadas por grupos de pesquisa os quais utilizam terminologias diferentes (sinônimos, apelido e fórmulas), sintaxes diferentes (estrutura de arquivos e separadores) e semânticas diferentes (intra e interdisciplinares homônimos). O sucesso da pesquisa em biologia dependerá da correta representação e manipulação dos dados biológicos permitindo os cientistas criarem, gerenciarem, manipularem, integrarem e analisarem os dados de forma a gerar informação e conhecimento. Neste trabalho, estudamos os problemas para representação de dados biológicos apresentados nas principais linguagens de modelagem tradicionais. Em seguida, levantamos os requisitos para um novo modelo de dados conceitual para biologia molecular. Finalmente, propomos um novo modelo conceitual contendo construtores específicos para solucionar alguns dos problemas estudados. Além disso, formalizamos o modelo proposto usando lógica de primeira ordem e utilizamos esta descrição lógica para realizar inferências que auxiliem o trabalho do projetista de banco de dados durante a criação de um esquema de banco de dados.