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Título: ENERGIAS LIVRES DE LIGAÇÃO ABSOLUTA DO PEPTÍDEO ANTIVIRAL ATN-161 COM ALVOS PROTEICOS DE SARS-COV-2
Autor: RUDIELSON DOS SANTOS SILVA
Instituição: PONTIFÍCIA UNIVERSIDADE CATÓLICA DO RIO DE JANEIRO - PUC-RIO
Colaborador(es):  ANDRE SILVA PIMENTEL - ORIENTADOR
Nº do Conteudo: 62017
Catalogação:  20/03/2023 Idioma(s):  PORTUGUÊS - BRASIL
Tipo:  TEXTO Subtipo:  TESE
Natureza:  PUBLICAÇÃO ACADÊMICA
Nota:  Todos os dados constantes dos documentos são de inteira responsabilidade de seus autores. Os dados utilizados nas descrições dos documentos estão em conformidade com os sistemas da administração da PUC-Rio.
Referência [pt]:  https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=62017@1
Referência [en]:  https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=62017@2
Referência DOI:  https://doi.org/10.17771/PUCRio.acad.62017

Resumo:
A afinidade de ligação do pentapeptideo antiviral ATN-161 com os alvos da integrina alfa5beta1 conformações fechada e aberta, a protease principal SARSCoV-2 e a proteína S variante omicron (B.1.1.529) complexada com hACE2 foram estudados usando ancoramento molecular e simulação de dinâmica molecular. Os complexos foram formados com sucesso através do uso de simulações de ancoragem molecular, obtendo as poses de ligação ATN-161 com os alvos estudados. Subsequentemente, simulações de dinâmica molecular clássica foram executadas para investigar a estabilidade do complexo formado. Simulações de dinâmica molecular direcionada e amostragem guarda-chuva usando análise de histograma ponderado foram realizadas para obter o potencial de força média de cada sistema, e calcular a energia livre de de ligação para o ATN-161 com o sítio de ligação dos respectivos alvos. Os resultados mostram que o ATN-161 se liga à integrina alfa5beta1 em sua forma ativa e inativa, com energias livres de ligação de -14.4 mais ou menos 0.5 e -12.6 mais ou menos 0.2 kcal mol-1 , respectivamente. Além disso, o ATN-161 se liga fracamente à proteína S variante omicron complexada com hACE2 com uma energia de apenas -3.2 mais ou menos 0.3 kcal mol -1 . Entretanto, o ATN-161 apresenta maior afinidade de ligação na MPRO, computando uma energia de ligação de -17.7 mais ou menos 0.2 kcal mol-1 , indicando que este peptídeo se liga fortemente ao MPRO. Por fim, o estudo da cinética de ligação com o método tau-RAMD indica que o ATN-161 apresenta um tempo de residência relativo similar ao do ligante de referência GC376. Os tempos de residências relativos são 2,8 mais ou menos 0,4 e 2,5 mais ou menos 0,5 ns para o ATN-161 e para o GC376, respectivamente. Os resultados obtidos neste trabalho indicam um potencial candidato a fármaco contra o SARS-CoV-2, em especial para o surgimento de novas variantes do SARS-CoV-2.

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