O objetivo, deste trabalho, foi avaliar as concentrações de mercúrio total (HgT) e metilmercúrio (MeHg) bem como a % MeHg no tecido muscular, no fígado e na gônada da corvina (Micropogonias furnieri; carnívora), do bagre (Bagre spp.; onívoro) e da tainha (Mugil liza; planctívora). Além de alguns parâmetros bióticos tais como: comprimento, peso, idade, maturidade sexual e o sexo. Foi possível estabelecer uma comparação entre as concentrações de HgT no tecido muscular da corvina e da tainha ao longo dos últimos treze anos. A concentração de HgT foi determinado através de EAA - vapor frio utilizando borohidreto de sódio como agente redutor. E a concentração MeHg foi determinada através de GC-DCE. Para o controle de qualidade analítica utilizaram-se amostras de padrões certificados IAEA MA-1 e Dolt-2. As concentrações de HgT e MeHg no tecido muscular dos carnívoros foram maiores que nos onívoros seguidos pelos planctívoros. O fígado de todas as espécies apresentaram as maiores concentrações de HgT. Enquanto, no músculo as maiores concentrações observadas foram de MeHg. A corvina apresentou a maior percentagem de MeHg no fígado comparada ao bagre e a tainha. Nas gônadas a % MeHg correspondeu a 100 %. Foi observada uma correlação significativa e positiva entre a concentração de HgT no tecido muscular do bagre e seu comprimento e peso. Utilizando-se o teste de Mann-Whitney foi observada uma diferença significativa entre as concentrações de HgT e o estágio de vida dos indivíduos, tanto para a corvina como para a tainha. Os resultados apresentaram uma diferença estatisticamente significativa entre as concentrações de HgT no músculo tanto das corvinas quanto das tainhas coletadas nos anos de 1999 e 2003.