Atualmente, o setor de transporte, no Brasil, está sofrendo um processo de descentralização por meio da estadualização com vistas à privatização. Para acompanhar tais mudanças, a Companhia Brasileira de Trens Urbanos - CBTU está reestruturando suas atividades e seu planejamento estratégico. Nesse contexto, o grande problema da empresa é ser deficitária em um país onde a maior parte da população é de baixa renda e os sistemas de transporte público não são auto-sustentáveis. O propósito desta pesquisa é investigar como assegurar o alinhamento estratégico do planejamento orçamentário em uma empresa pública, precisamente a CBTU, cujo objetivo principal é satisfazer as necessidades da sociedade. A investigação foi desenvolvida, usando a metodologia de estudo de caso, sendo a CBTU a empresa foco. Os dados da pesquisa foram coletados por meio de investigação documental e telematizada, questionários, predominantemente, estruturados e entrevistas, e tratados com métodos quantitativos e qualitativos. A interpretação e a análise dos dados foram realizadas com base no referencial teórico, fundamentado em revisão de literatura pertinente à área de estudo, com auxílio do modelo genérico integrativo de Macedo-Soares (2001b). Os resultados evidenciaram inconsistência entre o planejamento orçamentário e a estratégia da empresa. Também foi possível identificar os fatores organizacionais que contribuem e os que não contribuem para esse alinhamento. Ao final do trabalho, compartilham-se as lições a respeito do estudo de caso na CBTU.