$$\newcommand{\bra}[1]{\left<#1\right|}\newcommand{\ket}[1]{\left|#1\right>}\newcommand{\bk}[2]{\left<#1\middle|#2\right>}\newcommand{\bke}[3]{\left<#1\middle|#2\middle|#3\right>}$$
X
INFORMAÇÕES SOBRE DIREITOS AUTORAIS


As obras disponibilizadas nesta Biblioteca Digital foram publicadas sob expressa autorização dos respectivos autores, em conformidade com a Lei 9610/98.

A consulta aos textos, permitida por seus respectivos autores, é livre, bem como a impressão de trechos ou de um exemplar completo exclusivamente para uso próprio. Não são permitidas a impressão e a reprodução de obras completas com qualquer outra finalidade que não o uso próprio de quem imprime.

A reprodução de pequenos trechos, na forma de citações em trabalhos de terceiros que não o próprio autor do texto consultado,é permitida, na medida justificada para a compreeensão da citação e mediante a informação, junto à citação, do nome do autor do texto original, bem como da fonte da pesquisa.

A violação de direitos autorais é passível de sanções civis e penais.
Coleção Digital

Avançada


Estatísticas | Formato DC | MARC |



Título: A NOVEL APPROACH FOR DE BRUIJN GRAPH CONSTRUCTION IN DE NOVO GENOME FRAGMENT ASSEMBLY
Autor: ELVISMARY MOLINA DE ARMAS
Instituição: PONTIFÍCIA UNIVERSIDADE CATÓLICA DO RIO DE JANEIRO - PUC-RIO
Colaborador(es):  SERGIO LIFSCHITZ - ADVISOR
Nº do Conteudo: 47791
Catalogação:  04/05/2020 Idioma(s):  ENGLISH - UNITED STATES
Tipo:  TEXT Subtipo:  THESIS
Natureza:  SCHOLARLY PUBLICATION
Nota:  Todos os dados constantes dos documentos são de inteira responsabilidade de seus autores. Os dados utilizados nas descrições dos documentos estão em conformidade com os sistemas da administração da PUC-Rio.
Referência [pt]:  https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=47791@1
Referência [en]:  https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=47791@2
Referência DOI:  https://doi.org/10.17771/PUCRio.acad.47791

Resumo:
Fragment assembly is a current fundamental problem in bioinformatics. In the absence of a reference genome sequence that could guide the whole process, a de Bruijn Graph data structure has been considered to improve the computational processing. Notably, we need to count on a broad set of k-mers, biological sequences substrings. However, the construction of de Bruijn Graphs has a high computational cost, primarily due to main memory consumption. Some approaches use external memory processing to achieve feasibility. These solutions generate all k-mers with high redundancy, increasing the number of managed data and, consequently, the number of I/O operations. This thesis proposes a new approach for de Bruijn Graph construction that does not need to generate all k-mers. The solution enables to reduce computational requirements and execution feasibility, which is confirmed with the experimental results.

Descrição Arquivo
COMPLETE  PDF
Logo maxwell Agora você pode usar seu login do SAU no Maxwell!!
Fechar Janela



* Esqueceu a senha:
Senha SAU, clique aqui
Senha Maxwell, clique aqui