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Título: A FRAMEWORK APPROACH FOR QUALITY FEATURE ANALYSIS OF GENOME ASSEMBLIES
Instituição: PONTIFÍCIA UNIVERSIDADE CATÓLICA DO RIO DE JANEIRO - PUC-RIO
Autor(es): GUILHERME BORBA NEUMANN

Colaborador(es):  SERGIO LIFSCHITZ - Orientador
Número do Conteúdo: 46226
Catalogação:  06/12/2019 Idioma(s):  ENGLISH - UNITED STATES

Tipo:  TEXT Subtipo:  THESIS
Natureza:  SCHOLARLY PUBLICATION
Nota:  Todos os dados constantes dos documentos são de inteira responsabilidade de seus autores. Os dados utilizados nas descrições dos documentos estão em conformidade com os sistemas da administração da PUC-Rio.
Referência [pt]:  https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=46226@1
Referência [en]:  https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=46226@2
Referência DOI:  https://doi.org/10.17771/PUCRio.acad.46226

Resumo:
The Genome Assembly research area has quickly evolved, adapting to new sequencing technologies and modern computational environments. There exist many assembler software that consider multiple approaches. However, at the end of the process, one can always question the quality of assemblies. When an assembly is accomplished, some quality features may be generated, in order to qualify it. Nonetheless, the features do not directly tell one about assembly quality, but only bring to the biologists quantitative assembly descriptions. We propose a Domain Framework for the feature analysis process post-genome Assembly. Our goal is to enable data interpretation and assembly quality evaluation. The Genome Assembly Analysis Framework (GAAF) was designed to work with distinct species, assemblers and features. In order to validate our proposal, we have run a few practical experiments with GAAF, which make us understand the way it can be used, instantiated and extended.

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