O objetivo deste trabalho foi delimitar, de maneira automática, as Áreas de Preservação Permanente - somente ao longo dos três mais importantes rios da Bacia Hidrográfica do Rio São João - e identificar a ocorrência de conflito de uso da terra, baseado no Código Florestal Brasileiro e na Resolução n 303 do CONAMA. A cobertura vegetal e os limites das Áreas de Preservação Permanente (APPs) na Bacia Hidrográfica do Rio São João foram avaliadas utilizando a tecnologia SIG. Considerando as especificações da legislação, um mapa representando as áreas protegidas foi elaborado utilizando funções específicas do software ArcGis. Este mapa foi relacionado com o mapa de vegetação que foi feito através da interpretação de fotos aéreas e de shapes temáticos. Esta comparação permitiu a avaliação, em termos quantitativo e qualitativo, do nível de acordo entre o Cenário Ideal, definido pelo Código Florestal Brasileiro e o Cenário Real. Com este trabalho pode-se concluir, que apesar do planejamento ambiental ser fundamental para o desenvolvimento sustentável de bacias hidrográficas, no caso da Bacia Hidrográfica do Rio São João, como em outras bacias hidrográficas brasileiras, este plano foi negligenciado. Por esta razão, intervenções antrópicas podem ser observadas nas Áreas de Preservação Permanente, em desacordo com o Código Florestal Brasileiro. As intervenções nestas áreas trazem consequências negativas ao ambiente, como a substituição de florestas naturais por áreas de solo exposto, pastos ou capoeiras.