Este trabalho visa proporcionar elementos para uma melhor compreensão da dinâmica de funcionamento do Sistema Nacional de Inovação, com base na investigação detalhada de um programa de mobilização nacional de esforços para a inovação, o Programa de Química Fina para o Combate à Tuberculose - QTROP-TB. Para isso, formula-se, inicialmente, um arcabouço conceitual constituído por um Modelo para Avaliação da Ciência e uma caracterização dos Sistemas de Inovação. Apresenta-se, ainda, um referencial teórico para análise estratégica, compreendendo a definição de estratégias e as diversas maneiras como essas são formadas. Para melhor estruturar a análise, utiliza-se um estudo comparativo dos desenvolvimentos desse Programa e de um bem sucedido empreendimento mobilizador de esforços para inovação, realizado no início deste século, a Iniciativa de Oswaldo Cruz. Faz-se, então, uma caracterização dos contextos das iniciativas analisadas, abrangendo um resumo histórico do desenvolvimento científico no país que conduz à descrição da organização da ciência e tecnologia segundo o Modelo para Avaliação da Ciência. Essa descrição completa- se com um breve delineamento do processo de industrialização brasileiro, culminando com os esboços dos Sistemas de Inovação em que cada uma das iniciativas se insere. Na seqüência,analisam-se as estratégias de ambos os empreendimentos focalizados, fazendo-se uma comparação entre os modelos adotados pelo Programa QTROP-TB e pela Iniciativa de Oswaldo Cruz. Dentre as conclusões, destaca- se que uma iniciativa como o Programa QTROP-TB, mesmo partindo da percepção correta da necessidade de coordenar esforços em C e T para melhor apropriar os investimentos feitos em P e D pela sociedade, pode fracassar devido a falhas no modelo adotado para integrar universidades, empresas, governo e sociedade civil, à escolha do foco mobilizador das ações a serem coordenadas, à inadequação, para o tipo de Programa, do processo de planejamento escolhido e a deficiências na implantação e administração do empreendimento. Espera-se que a explicitação desses resultados contribua para uma melhor compreensão do Sistema Nacional de Inovação o que pode levar à melhoria do seu desempenho.