Esta investigação tem por objetivo apresentar um modelo de cooperação entre filosofia e ciência experimental, por meio de um domínio comum, a matemática, especialmente a álgebra. Essa coordenação entre dois domínios situados em níveis distintos de conhecimento da realidade natural chama-se filosofia da natureza, e havia sido proposta por Aristóteles nos oito livros da Física. Com o advento da ciência experimental moderna entre os séculos XVI e XVII, tal tipo de investigação passou a ter um caráter secundário, porquanto se entendeu que as teorias, especialmente as de base matemática, e o método experimental em conjunto seriam suficientes para dar conta da estrutura da realidade. No entanto, faz-se necessário -- e esta é nossa proposta --, em decorrência das questões de limite suscitadas pela própria ciência experimental, retomar uma investigação complementar à científica ou epistêmica, e coordenada com esta, de modo a prover um conhecimento integral, totalizante, da realidade natural. Portanto, analisa-se o alcance da ciência experimental quanto à compreensão científica da natureza da matéria, expondo certas limitações deste tipo de enfoque, tendo por base a epistemologia proposta pelo filósofo Jacques Maritain. Em seguida, analisa-se o estatuto metafísico ou ontológico da matéria, com base em vários textos de Tomás de Aquino, e propõe-se um modelo algébrico para a representação de elementos daquela ontologia. Por fim, apresentam-se algumas conseqüências que se podem extrair desse modelo, com vistas à compreensão de aspectos da realidade natural como espaço-tempo e movimento, não-localidade quântica, e uma proposta de visão totalizante da realidade física,denominada holomovimento, sugerida pelo físico David Bohm.