Os intermediários de inovação desempenham papel fundamental no fortalecimento dos sistemas de inovação, porém sua avaliação de desempenho permanece um desafio devido à complexidade de suas interações e impactos de longo prazo. Esta pesquisa objetiva desenvolver e aplicar um modelo de monitoramento e avaliação de intermediários de inovação baseado na Teoria da Mudança (TdM), visando sistematizar a mensuração dos resultados e impactos das atividades de intermediação da Associação Brasileira de Pesquisa e Inovação Industrial (Embrapii). A metodologia combina abordagens qualitativas e quantitativas, integrando TdM com métodos multicritério de apoio à decisão em uma aplicação do modelo conceitual no contexto organizacional da Embrapii. A pesquisa propõe um modelo de monitoramento e avaliação de desempenho que vai além da atual sistemática de avaliação adotada pela Embrapii, visando incluir indicadores de transformação sistêmica e medidas de impacto de longo prazo. Os resultados demonstram como a integração da TdM pode aprimorar a avaliação de intermediários de inovação através do mapeamento das relações causais entre atividades e impactos, identificação de indicadores apropriados para diferentes níveis de resultados e captura de mudanças sistêmicas. Este estudo contribui tanto para a teoria quanto para a prática ao fornecer um arcabouço metodológico estruturado para monitorar e avaliar o desempenho de intermediários de inovação, oferecendo orientações práticas com implicações gerenciais e políticas.