A Baía de Guanabara (BG) serve como estuário para 90 rios e canais, é um ambiente eutrofizado, com intensa produtividade primária e que recebe considerável aporte de nutrientes, principalmente oriundos do despejo de esgotos e drenagem fluvial. Ali se encontra também o segundo maior complexo industrial do Brasil. Devido a esses aspectos geradores de alterações ambientais, o objetivo deste trabalho é caracterizar as variações biogeoquímicas na Baía de Guanabara em ciclos de maré diurna e o fluxo de nutrientes inorgânicos dissolvidos e de hidrocarbonetos alifáticos no material particulado em suspensão (MPS). O estudo inclui, ainda, caracterização da origem da MO particulada, através da utilização de ferramentas como composição elementar (C e N) e isotópica Delta13C e Delta15N. Para tal, foram realizadas duas campanhas: uma no período próximo a entrado do inverno (seca) e outra no período próximo à entrada do verão (chuva) em um ponto fixo próximo à desembocadura da baía. As coletas foram realizadas ao longo de um ciclo completo de maré, a intervalos de 2 horas, totalizando 13 amostragens em 3 profundidades (superfície, meio e fundo) e 39 amostras por campanha. Dados auxiliares de velocidade e direção de correntes, salinidade e T celsius da água foram obtidos com um ADCP e um CTD. A metodologia incluiu análises no campo (medidas de T celsius, pH e OD) e no laboratório. No laboratório foram utilizados métodos colorimétricos e espectrofotométricos para nutrientes (NH4 mais, NO2 menos, NO3 menos e Pinorg), COP, NP, COD, MPS e clorofilas. Após extração em Soxhlet (EPA3540C), os hidrocarbonetos fracionados em coluna foram analisados por GC-FID (alifáticos). As análises de composição elementar e isotópica foram feitas através de combustão a seco e IRMS, respectivamente. Os resultados demonstraram que T celsius e o pH variaram pouco ao longo da coluna d água na C1, já para a C2 ocorreu uma variação mais acentuada de T Celsius. O OD, NH4 mais, NO3 menos e a Chl-b foram mais elevados para a C1, já a Salinidade, MPS, Pinorg, bacterioplâncton, delta 13C, delta 15N e HAT foram maiores para a C2. Os compostos, na sua maioria, alcançaram concentrações mais elevadas em eventos de maré vazante. Os hidrocarbonetos alifáticos originaram, predominantemente, da degradação de óleo por microorganismos, principalmente para a C2. Para a C1 ocorreu mistura de nalcanos com predomínio de origem biogênica terrestre e petrogênica recente. Os traçadores naturais utilizados razão C/N e isotópica delta 13C e delta 15N levaram a identificar às principais fontes de MO evidenciando predomínio de origem marinha em ambas as campanhas. O fluxo de nutrientes inorgânicos dissolvidos foram em média na ordem de 104 para os nitrogenados e hidrocarbonetos alifáticos e de 102 para o fósforo inrgânico diário sendo exportados da BG. Além destes a BG exporta elevada quantidade de material como clorofilas, COP e NP. O COD apresentou fluxo positivo para a BG, entretanto devemos levar em consideração o ponto de coleta sofre forte influência do influxo proveniente do emissário submarino de Icaraí e outros esgotos pontuais próximos a desembocadura. A utilização de ferramentas estatísticas auxiliou na comprovação sobre a diferença significativa entre as campanhas, contribuindo para validar a escolha do critério da sazonalidade. A análise de cluster e a PCA demonstraram uma associação existente entre os parâmetros analisados.