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A violação de direitos autorais é passível de sanções civis e penais.
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Coleção Digital
Título: CONTROLE DA EXECUÇÃO E DISPONIBILIZAÇÃO DE DADOS PARA APLICATIVOS SOBRE SEQÜÊNCIAS BIOLÓGICAS: O CASO BLAST Autor: MAIRA FERREIRA DE NORONHA
Instituição: PONTIFÍCIA UNIVERSIDADE CATÓLICA DO RIO DE JANEIRO - PUC-RIO
Colaborador(es):
SERGIO LIFSCHITZ - ORIENTADOR
Nº do Conteudo: 9819
Catalogação: 25/04/2007 Idioma(s): PORTUGUÊS - BRASIL
Tipo: TEXTO Subtipo: TESE
Natureza: PUBLICAÇÃO ACADÊMICA
Nota: Todos os dados constantes dos documentos são de inteira responsabilidade de seus autores. Os dados utilizados nas descrições dos documentos estão em conformidade com os sistemas da administração da PUC-Rio.
Referência [pt]: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=9819@1
Referência [en]: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=9819@2
Referência DOI: https://doi.org/10.17771/PUCRio.acad.9819
Resumo:
Título: CONTROLE DA EXECUÇÃO E DISPONIBILIZAÇÃO DE DADOS PARA APLICATIVOS SOBRE SEQÜÊNCIAS BIOLÓGICAS: O CASO BLAST Autor: MAIRA FERREIRA DE NORONHA
Nº do Conteudo: 9819
Catalogação: 25/04/2007 Idioma(s): PORTUGUÊS - BRASIL
Tipo: TEXTO Subtipo: TESE
Natureza: PUBLICAÇÃO ACADÊMICA
Nota: Todos os dados constantes dos documentos são de inteira responsabilidade de seus autores. Os dados utilizados nas descrições dos documentos estão em conformidade com os sistemas da administração da PUC-Rio.
Referência [pt]: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=9819@1
Referência [en]: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=9819@2
Referência DOI: https://doi.org/10.17771/PUCRio.acad.9819
Resumo:
Este trabalho consiste na criação de uma ferramenta
provedora de dados
para o BLAST, denominada BioProvider. Esta é usada para
prover dados
realizando um gerenciamento de buffer eficiente para o
BLAST, controlando
também o escalonamento dos processos do mesmo. A
comunicação entre o
BioProvider e os processos do BLAST, assim como o controle
de concorrência e
bloqueios, é feita por meio de um driver, que substitui as
chamadas a funções de
leitura e escrita de arquivos do banco de dados. Deste
modo, o código do BLAST
não precisa ser modificado para ser realizar a comunicação
com o BioProvider e
este pode ser usado para diferentes versões do BLAST. O
desenvolvimento do
BioProvider é a primeira etapa para a criação de uma
solução aplicável também a
outras ferramentas de Bioinformática. Por ser transparente
aos programas, a
ferramenta desenvolvida é facilmente extensível, podendo
ser futuramente
modificada para prover dados para outros aplicativos, usar
outras estratégias de
gerência de buffer ou prover dados armazenados em formatos
diferentes dos lidos
por processos clientes, convertendo-os em tempo de
execução. O BioProvider foi
testado com a versão recente do NCBI BLAST, obtendo
consideráveis melhoras
de desempenho, e seu funcionamento foi verificado também
com a versão do
WU-BLAST com código aberto. Foram realizadas análises de
variações no
algoritmo de gerenciamento de buffer e dos fatores que
influenciam o desempenho
dos processos BLAST.
Descrição | Arquivo |
CAPA, AGRADECIMENTOS, RESUMO, ABSTRACT, SUMÁRIO E LISTAS | |
CAPÍTULO 1 | |
CAPÍTULO 2 | |
CAPÍTULO 3 | |
CAPÍTULO 4 | |
CAPÍTULO 5 | |
REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS E APÊNDICES |